X射线结晶

X-射线晶体学是通过使用X射线衍射数据来确定每个原子的位置来表征蛋白质的结构生物物理方法。此过程涉及:

  • 结晶试验
  • X射线衍射数据收集
  • 相位确定
  • 原子坐标的结构细化
  • 结构分析
以上:人白细胞介素8的晶体。

可导致可用于生物医学一个,相关的靶蛋白的三维原子坐标解决晶体结构 铅发现。势必验证蛋白靶标先导化合物的结构,解决了作为一个宝贵的依据 铅优化.

结晶试验

纯化的蛋白质受到在一定范围的沉淀剂,盐和pH值的一组不同的结晶条件。通常结晶通过蒸汽扩散悬滴法下的条件的一个或两个集合来实现的。然后这些结晶条件可以被优化,以达到通过沉淀剂的浓度,盐和pH值的调整最高质量的晶体生长。

数据采集

一旦晶体生长已经实现,数据收集可以继续进行。单晶被安装并暴露于高强度的x射线束。 x射线衍射出由晶格内的每个蛋白的原子的有序排列形成的平面;晶体的周期性放大所得到的信号,以可测量的水平并且该信号被通过一个特殊的检测器记录。所得的X射线衍射数据是一组反射,或斑点的,在一系列的图像收集。因此收集天天棋牌从晶体的新型蛋白质的结构信息需要的X射线的一个强大的源。基于结构的药物设计的核心是隶属于世界上最先进的同步加速器,国家同步辐射光源II在一个 布鲁克海文国家实验室,能源部门资助的设施。特别是,我们与高度自动化的生物大分子晶体学光束线AMX 17-ID-1工作。

Structure Determination & Refinement

以上:计算为1.05(蓝色)和人白细胞介素8的拟合模型的电子密度图的一部分。二硫键(绿色)的结构可以清楚地看到在地图的形状。

最后,所收集的X射线衍射数据集必须在计算上被分析和蛋白质的三维结构来确定。这是通过使用各种各样的计算机软件包来计算衍射X射线,电子密度图的和原子坐标的许可证细化的相位来实现的。包括X射线衍射数据组二维反射的集合变换为三维电子密度图,在其中的蛋白质模型进行拟合。结构被改进,以包括溶剂分子与任何另外的化合物存在时,蛋白质结晶。作为最后步骤,将得到的模型将被提交给 蛋白质数据银行 之前公布。