软件

各种软件工具和生物统计学和生物信息学分析,统计代码已经开发了 定量的科学分工的成员。有关更多信息,请与工具的开发者。

常见的统计分析

SAS宏

  • SAS宏的集合自动执行常见的分析。
  • demographtable: 创建一个用于两个治疗组数据的人口表。
  • frequency_t: 创建多个变量频数分布表。
  • ttest_fdr:  执行两个独立样品t检验和使用FDR调整为多个测试。
  • SAS代码文件中: ufhccmacros
  • 文档: SAS宏观引导
  • 注:所有宏这里假设你的数据进行适当的清理。如果你不知道如何清洗你的数据,请参阅 数据清理提示.

序列数据的功能注释

blast2go

  • Java桌面应用程序。
  • 工具,用于预测从它们的核苷酸序列起始的基因的功能。该工具还预制件基因预测,基于所预测的功能RNA测序数据和解释的分析。
  • blast2go:在功能基因组学的注释,可视化和分析的通用工具研究。 conesa一个,格茨S,加西亚 - 戈麦斯JM,固醇Ĵ,TALON米,罗夫莱斯微米。生物信息学。 2005年9月15日; 21(18):3674-6。 EPUB 2005年8月4日.
  • 高通量功能注释和数据挖掘与blast2go套件。格茨S,加西亚 - 戈麦斯JM,固醇Ĵ,威廉斯TD,nagaraj SH,nueda MJ,罗夫莱斯米,TALON米,dopazoĴ,conesa一个。核酸研究。 2008年6月; 36(10):3420-35。 DOI:10.1093 / NAR / gkn176
  • ANA conesa实验室:由开发

tappas

  • Java桌面应用程序。
  • 在亚型水平的功能注释。 altenrative剪接和结果的功能解释的统计分析。
  • ANA conesa实验室:由开发

spongescan

  • 网络服务器。
  • 工具作为microRNA的海绵长非编码RNA的鉴定。
  • spongescan:用于检测lncrna序列的微小RNA结合元件的网。 FURIO-塔里P,塔拉索纳S,gabaldón吨,enirght AJ,conesa一个。 核酸研究。 2016 7月8日; 44(W1):w176-80。 DOI:10.1093 / NAR / gkw443。 epub的2016可以19。
  • ANA conesa实验室:由开发

multomics数据集成

paintomics

  • Web应用程序。
  • 应用在KEGG途径的模板分析和multomics数据的可视化。
  • paintomics 3:多组学的data.hernandez-DE-迭R,塔拉索纳S,Martinez的-米拉C,balzano-诺盖拉升,FURIO-塔里P,帕帕斯克,conesa一个途径分析和可视化的web资源。核酸研究,2018年5月25日。 //doi.org/10.1093/nar/gky466
  • ANA conesa实验室:由开发

stategraems

 

  • 工具multiomics数据集的注释和存储和注释。
  • stategra EMS:对于复杂的下一代组学实验的实验管理系统。 埃尔南德斯R,博伊克斯-乔瓦N,戈麦斯 - 卡夫雷罗d,tegnerĴ,abugessaisa I,conesa一个。  BMC系统生物学2014,8(增刊2):S9
  • ANA conesa实验室:由开发

rgmatch

  • Python包。
  • 工具链接NGS基于区域的数据,基因注释数据集成。
  • rgmatch:在组学数据集成FURIO-塔里p匹配的基因组区域近端的基因,conesa一个,塔拉索纳秒。 BMC生物信息学2016 17年11月22日:1293 DOI:10.1186 / s12859-016-1293-1
  • ANA conesa实验室:由开发

NGS数据的质量控制

qualimap

  • Java桌面应用程序
  • 的映射的质量控制从多个组学技术读取。
    qualimap 2:先进的多样品的质量控制用于高通量测序data.okonechnikov K,conesa一个,加西亚 - 镇长,F。生物信息学。 2016年01月15; 32(2):292-4
    qualimap:评估下一代测序对准数据。
    加西亚 - 镇长楼okonechnikov K,Carbonell的Ĵ,Ruiz的LM,格茨S,塔拉索纳S,迈尔TF,conesa a.bioinformatics 2012; 28(20):2678-9。
  • ANA conesa实验室:由开发

sqanti

  • Python包。
  • 质量控制和pacbio异SEQ数据的注释
    sqanti:在全长转录鉴定和定量的质量控制读长转录序列广泛表征。
    塔尔达吉拉米,德拉丰升,Marti的C,Pereira的C,德尔瑞斯小时,法瑞尔米,mellado米,macchietto米,verheggen K,艾德曼米,ezkurdia I,巴斯克斯Ĵ,绺米,mortazavi一个,貂升,rodriguez-纳瓦罗S,莫雷诺 - 曼萨诺v和conesa一个。  基因组研究,2018年2018年2月9日,DOI:10.1101 / gr.222976.117.
  • ANA conesa实验室:由开发

基因表达数据的统计分析

masigpro

  • [R包。
  • 基因表达的时间序列数据的分析。包括微阵列的分析,RNA测序和差动同种型表达
    下masigpro:更新masigpro Bioconductor的包RNA-seq的时间序列。 nueda MJ,塔拉索纳S和conesa一个。生物信息学。 2014年09月15; 30(18):2598-602。
    下masigpro:更新masigpro Bioconductor的包RNA-seq的时间序列。 nueda MJ,塔拉索纳S和conesa一个。 生物信息学。 2014年09月15; 30(18):2598-602
    masigpro:一种方法来识别在时间过程微阵列实验显著差异表达谱。 conesa一个,nueda MJ,费雷尔一个,爪米。生物信息学2006年,5月1日; 22(9):1096-102
  • ANA conesa实验室:由开发

noiseq

  • [R包。
  • 采用非参数统计RNA测序量化数据的质量控制,以及差异表达分析。
  • 差异表达的数据质量感知分析RNA测序与noiseq R / BIOC包。 塔拉索纳S,FURIO-塔尔P,turra d,二Prieto的一个,nuedaMªĴ,费雷尔一个,conesa一个。核酸研究。 2015年12月02日; 43(21):E140.
  • ANA conesa实验室:由开发

arsyn

  • [R包。
  • 去除的定量NGS数据批次效应。
  • arsyn:用于多因素的时间过程微阵列实验的识别和去除系统噪声的方法。 nueda MJ,费雷尔一,conesa一个。生物统计学2012(3):553-66
  • ANA conesa实验室:由开发